Qt4 の標準動作は上記のドキュメントに書かれている。

1. リソースシステムの :/qt/etc/qt.conf
2. アプリケーションの実行ファイルと同じディレクトリにある qt.conf

アプリケーション固有の設定はいいとして、Qt ランタイム側のグローバルな設定が…うーん、README.OS2 に説明がねえなあ…。

http://svn.netlabs.org/qt4/ticket/78 あたりを読むと、だいたいこんな順番みたいです。

1. QtCore のライブラリと同じディレクトリに qt.conf があれば、その中の設定を使う
2. %ETC%\qt\qtsys.conf （beta5より後では %ETC%\qtsys.conf）があれば、その中の設定を使う。ちなみに環境変数 ETC の設定はたいてい OS/2 のインスコされたドライブの \MPTN\ETC になっているかと思われ。
   (20110728) qtsys.conf は今後のバージョン（4.7）ではサポートされなくなるらしい（changeset1030）
3. 以上全てがない場合、QtCore のライブラリがあるディレクトリそのものを使う

Qt4 ランタイムを手動でインスコした場合は QtCore4.dll と同じディレクトリに qt.conf を置いて、中味を編集して "Prefix = ." にするのが一番安直かと思われます。